El acto ha estado presidido por el obispo de Cádiz y Ceuta, Rafael Zornoza, que ha bendecido la iglesia y ha agradecido a la Ciudad la colaboración prestada sin la cual la restauración del templo no hubiera sido posible. Agradecimiento que ha quedado plasmado en una placa que han descubierto el presidente de la Ciudad y el obispo al finalizar el evento, que ha contado con la presencia de las primeras autoridades civiles y militares de Ceuta.
La Iglesia de San José ha concluido un prolongado periodo de cierre que se ha extendido durante casi cuatro años, motivado por los graves problemas estructurales edificio. Estos comenzaron a manifestarse en 2018, cuando se detectaron los primeros desprendimientos en la cubierta y signos de deterioro en las fachadas.
El 31 de diciembre de 2021, se produjo el primer derrumbe importante. El 3 de enero de 2022, un nuevo colapso parcial afectó a la zona más deteriorada de la cubierta. Aunque el templo estaba cerrado al público, se registraron daños en enseres de la Cofradía de la Encrucijada.
Debido a la gravedad de los daños, el Gobierno de la Ciudad incluyó en los Presupuestos una partida inicial de 100.000 euros, que posteriormente fue ampliada a 345.000 euros tras una reevaluación técnica. El convenio de colaboración con el Obispado fue firmado en octubre de 2022.
La rehabilitación ha supuesto un coste total de 425.000 euros, de los cuales 345.000 euros han sido aportados por la Ciudad Autónoma de Ceuta mediante una subvención nominativa. Además de la nueva cubierta, se han realizado mejoras integrales: pavimentación, renovación del sistema eléctrico e iluminación, así como la incorporación de nuevo mobiliario. Actualmente está pendiente la firma de un segundo convenio con el Obispado, por un importe aproximado de 110.000 euros, para cubrir el coste total de la intervención.